Родился 8 ноября 1966 года в г. Новосибирске в семье служащих.
В 1983-1988 гг. обучался в Новосибирском электротехническом институте (НЭТИ, с 1990 г. — НГГУ). По окончании института остался работать в научно исследовательской лаборатории, учился аспирантуре (заочно). В 1994 г. защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук по специальности «Радиофизика, включая квантовую радиофизику». До марта 1998 г. работал преподавателем на кафедрах Прикладной и теоретической физики и Антенных систем НГГУ, последние два года в должности доцента.
Крещен 20 января 1996 г. в соборе св. блгв. кн. Александра Невского в г. Новосибирске.
В 1996 г. проходил послушание в храмах и мужских обителях Новосибирской епархии, в 1997 г. посетил в качестве трудника Николо-Шартомский мужской монастырь в Ивановской обл. С сентября 1997 г. учился в Новосибирском православном богословском институте, закончил первый семестр. 6 февраля 1998 г. вновь прибыл в Николо-Шартомский монастырь на постоянное пребывание.
17 апреля 1998 г. в Казанском храме Николо-Шартомского монастыря архимандритом Никоном (Фоминым)пострижен в монашество с именем Иоанн в честь Иоанна Предтечи.
24 мая 1998 г. в храме Архангела Михаила в с. Архангел Комсомольского р-на Ивановской обл. архиепископом Амвросием (Щуровым) рукоположен в сан диакона, 4 октября в Преображенском кафедральном соборе г. Иваново архиепископом Амвросием рукоположен в сан пресвитера.
В 1998-2001 гг. заочно обучался в Московской духовной семинарии, в 2001-2005 гг. — в Московской духовной академии. В 2006 г. в Московской духовной академии защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата богословия на тему «Опыт построения догматической системы по творениям святого Василия Великого».
В 1998-1999 гг. — преподаватель в Ивановском православном богословском институте апостола Иоанна Богослова. С 1999 г. — первый проректор института. В 2001-2005 и 2007-2009 гг. — директор школы-интерната для мальчиков при Николо-Шартомском монастыре. В 2000-2005 гг. преподавал в Ивановском государственном университете и Шуйском государственном педагогическом университете, в 2005-2014 гг. — в Алексеевской Иваново-Вознесенской православной духовной семинарии.
В июне 1999 г. назначен и.о. настоятеля строящегося храма в честь Всех святых при Ивановском государственном университете. В 2005 -2006 гг. — настоятель храма иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» в г. Иваново. С 2009 г. — благочинный Воскресенского собора г. Шуя.
С 2011 г. — благочинный Николо-Шартомского монастыря.
Решением Священного Синода от 16 апреля 2016 г. (журнал № 6) избран епископом Воркутинским и Усинским.
20 апреля 2016 г. за Литургией в храме свт. Николая Чудотворца с. Алферьево Тейковского р-на Ивановской обл. епископом Шуйским и Тейковским Никоном возведен в сан архимандрита.
Наречен во епископа 23 апреля 2016 г. в Тронном зале Храма Христа Спасителя в Москве. Хиротонисан 24 апреля за Литургией в Храме Христа Спасителя в Москве. Богослужения возглавил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.
1988 г. — Новосибирский электротехнический институт.
2001 г. — Московская духовная семинария (заочно).
2005 г. — Московская духовнпя академия (заочно).
Слово архимандрита Иоанна (Руденко) при наречении во епископа Воркутинского и Усинского.